دائما تمر المسيحيه بأوقات عصيبه فالاضطهاد هو ليس شيئ حديث ، فقديما كان الاضطهاد بشكل مختلف بعض الشيئ ففي عام ٣٨٦م تولي الحاكم بأمر الله حكم مصر وكان معروف بانه غريب الأطوار ومتقلب المزاج ، فكان شخص غريب السيره يقوم بامور عجيبه ثم يصلح منها ، فمن غرائبه وكرهه للمسيحين فكان يجبر المسيحيين علي لبس صلبان و أجراس ثقيلة في رقابهم، و لم يترك ديراً أو كنيسة إلا و هدمها. كما هدم كنيسة القيامة في القدس عام 398 و لكنه عاد و بني ما تهدم من الكنائس مرة أخري. وليس المسيحيين فقط فكان أيضا يُلبس اليهود عمائم سوداء و يمنعهم من استخدام حمامات المسلمين و بني لهم حمامات علي حدة، و منعهم من أن يركبوا السفن مع المسلمين أو يستخدموا غلاماً مسلماً.
كما انه كان يمنع النساء من الخروج من بيوتهن ليلاً و نهاراً و ظل الأمر كذلك حتي قتل عام 411 فكان مكروها من جميع المصريين وذلك لبطشه بهم وادعائه الدائم بالألوهية وكأنو يلقون أوراق دائما له في طريقه مليئة بالسب والتقبيح فيه ،
ويذكر التاريخ أيضا انه حدث فى فترة من فترات حياة الحاكم بأمر الله المنصور انه أمر بإغلاق جميع الكنائس الموجودة فى مصر، وأن صوت الجرس وأصوات التسابيح والتراتيل والقداسات لا تُسمَع فى أى كنيسة مهما حدث. فقال «المقريزى»، فى خطبه : «إن الكنائس ظلت مغلقة بدموع الأقباط لمدة تسع سنوات كاملة»!!
الكثير من الأساقفة والرهبان ذهبوا الي الصحراء للعبادة والتضرع إلى الله أن يتراءف على شعبه، واعتاد بعض المؤمنين أن يقصدوا الصحراء مرتين سنوياً، بالذات فى عيدى الغطاس والقيامة، ليتمكنوا من الصلاة فى مأمن من غدر السلطان، لكن الغالبية العظمى من الشعب القبطى لم يكونوا يستطيعون الخروج إلى الصحراء لبعد المسافات ومشقة السفر، فأصروا على الصلاة، فلجأوا إلى الصلاة فى البيوت ليلاً بدل الصلاة نهاراً، وداوموا على اجتماعاتهم الليلية وتسابيحهم وصلواتهم الليلية فى البيوت!!
وذات يوم فكر الحاكم بأمر الله أن ينزل بنفسه ليرى ويسمع ماذا يفعل الأقباط، ولماذا لا يُسمع لهم صوت، فدخل بنفسه إلى حوارى القاهرة الفاطمية، وجعل يتجول فى أكثر من منطقة، منها «حارتا زويلة والروم»، وكانتا عامرتين بالبيوت المسيحية المؤمنة، فما كان منه إلا أن ذُهل مما سمعه، فقد سمع بأذنيه أصوات التسابيح والترانيم تخرج من كل بيت قبطى، رغم إغلاق كل النوافذ والأبواب، فكل بيت مصرى تحول إلى كنيسة حينما أغلق الحاكم كل الكنائس.
فأصدر أوامره بفتح كل الكنائس وإقامة الصلوات بصورة عادية فيها، وكأن شيئاً لم يكن قبل ذلك، وقال مقولته الشهيرة التى سجلها له التاريخ: «افتحوا لهم كل الكنائس واتركوهم يصلوا كما يشاءون، لأنى كنت أريد أن أغلق فى كل شارع كنيسة ولكننى اكتشفت اليوم أننى حين فعلت ذلك افتتحت لهم فى كل بيت كنيسة!».
قتل الحاكم بأمر الله و هو في السادسة و الثلاثين من عمره بعد أن أمضي خمسة و عشرين عاماً علي ولاية مصر. و تولي الملك بعده ابنه الظاهر وكان لا يزال طفلاً.